盡管紙箱無版數碼噴墨印刷機具有很多優點，但也存在一些缺點，主要包括以下幾個方面：
1. 墨水成本高: 由于數碼噴墨印刷機使用的墨水種類繁多，且需要保證顏色的真實性和質量，所以其墨水成本相對較高。因此，短期內這樣的設備成本通常更高。
2. 墨水干燥慢: 紙箱無版數碼噴墨印刷機使用的染料墨水需要一定時間才能干燥，因此，需要等待一定時間紙箱或包裝材料才能進行后續加工。對于某些客戶（例如打印海報）來說，等待時間是不能太長的。
3. 濃度和顏色難于控制：數碼噴墨印刷技術中，濃度和顏色的控制比傳統的印刷技術要難得多。由于紙箱、包裝等產品通常在不同光線下可能有不同的色差，這可能會導致印刷顏色的一定偏差或者顏色不均勻。
4. 面料限制：數碼噴墨印刷機只能用于印刷相應面料的面層產品，而不能印刷非相應面層的產品（即印刷直觀顯色的面料）。
因此，針對不同需求，紙箱無版數碼噴墨印刷機和傳統的印刷設備需求相對應。
